Jaap Slootmaker is per 12 februari 2018 benoemd tot plaatsvervangend directeur-generaal Rijkswaterstaat bij het ministerie van Infrastructuur en Waterstaat. De pDG wordt een vrijgestelde functie, gecombineerd met het proceseigenaarschap Omgevings- en Assetmanagement. Slootmaker is daarnaast onder meer verantwoordelijk voor de 7 regionale onderdelen van Rijkswaterstaat.
Slootmaker was sinds 2013 Chief Financial Officer (CFO) bij Rijkswaterstaat. In de periode 2004 tot 2011 vervulde hij de functie van directeur stafdirectie Control & Toezicht, eveneens bij Rijkswaterstaat.