Ambtenaren van het ministerie van Justitie en Veiligheid proberen regelmatig om de inhoud van WODC-onderzoek te beïnvloeden. Belangrijke waarborgen in de relatie tussen JenV en het WODC om oneigenlijke beïnvloeding tegen te gaan schieten bovendien tekort. Hierdoor is de onafhankelijkheid van het WODC geschaad en staat – vooral bij politiek gevoelige onderwerpen – de deugdelijkheid van het onderzoek soms onder druk. Er zijn geen aanwijzingen dat opzet, uitvoering of conclusies van WODC-onderzoek op grote schaal zijn aangepast.
Dat blijkt uit het rapport Ongemakkelijk onderzoek: naar een betere balans in de relatie tussen WODC en beleid van Onderzoekscommissie WODC II. De commissie deed in opdracht van minister Grapperhaus van Justitie en Veiligheid onderzoek naar de relatie tussen het WODC en de beleidsafdelingen van het ministerie van Justitie en Veiligheid.
De onafhankelijke positie van het Wetenschappelijk Onderzoeks- en Documentatiecentrum (WODC) ten opzichte van het ministerie van Justitie en Veiligheid moet worden vergroot, concludeert de minister. Hij wil het WODC in een ander gebouw gehuisvest en wordt de onafhankelijke positie van het instituut in een ministeriële regeling vastgelegd. Daarnaast worden de regels voor beleidsonderzoek aangescherpt, zodat beleid en onderzoek op grotere afstand van elkaar komen te staan. Zowel bij het ministerie als bij het WODC worden nieuwe functionarissen benoemd die zorgen voor het naleven van de gedragsregels voor onafhankelijk onderzoek.