Gijs van der Vlugt is per 1 september 2021 benoemd tot plaatsvervangend directeur Algemene Financiële en Economische Politiek (AFEP) bij het ministerie van Financiën.
Van der Vlugt is momenteel hoofd Marktordening en Strategie bij de directie AFEP. Hiervoor was hij manager Strategie en Beleid bij de gemeente Rotterdam.